Jõhvis pidi koolitöö taastuma 1944. a sügisel. Gümnaasiumihoone oli sõjatules hävinud, õpetajad sõja tõttu linnast lahkunud. 6. novembril 1944 toimus Jõhvi Mittetäieliku Keskkooli esimene õppenõukogu, kus otsustati alustada õppetööd 9. novembril.
Algas klasside komplekteerimine. Kõik klassid said õpperuumid algkoolimajja.

Õppetöö alustamine lükkus siiski edasi, sest kooli ruumidesse olid elama asunud sõjapõgenikud. Otsustati oodata, kuni koolimaja vabaneb. Õppetöö sai alata 10. jaanuaril 1945. a Jõhvi linna algkoolihoones. Seegi koolimaja oli sõja ajal plahvatuse läbi kanna- tada saanud. Katus oli mitmest kohast purustatud, aknaklaasid katki, krohv osaliselt seintelt ja lagedelt maha varisenud. Peaaegu täielikult oli ära viidud elektrivalguse sisseseade, laiali olid kantud õppevahendid, raamatukogu ja tööõpetuse klassi sisustus.

Õppetöö toimus kahes vahetuses ja õppetunni pikkuseks oli 30 minutit, kuna puudus elektrivalgustus. Kevadel pikenesid tunnid 45 minutile.

Õppeaasta jooksul oli õpilaste liikuvus väga suur. Pidevalt tuli kooli juurde uusi õpilasi seoses elanike tagasipöördumisega Jõhvi, kuid ka väljalangenuid oli rohkesti – peamiselt majanduslikel põhjustel. Kooli poolt jagati õpilastele jalatseid, riideid ja anti rahalist toetust.

Vaatamata raskustele igapäevases elus oli koolis isetegevus üsna elav. Oli segakoor, lastekoor, kellega käidi 1947. a Tallinnas XII üldlaulupeol. Tegutses rahvatantsurühm, karaktertantsijad, ansamblid, solistid, deklamaatorid.

1946./1947. õa hakkasid koolis õppima ka venekeelsed klassid. Kool pidi töötama kolmes vahetuses. Esimeses vahetuses algklassid, teises keskastmed ja kolmandas keskkooliklassid. 1948. a moodustati Jõhvi ühest koolist kaks keskkooli: Jõhvi Eesti Keskkool ja Jõhvi Vene Keskkool. Kuna mõlemad koolid jäid töötama ühte majja, tuli ette ka arusaamatusi ja vastastikku õpilaste süüdistamist, mida õpetajad pidid lahendama.

1949. a sai vene keskkool oma maja ja eesti kool alustas tööd kahes vahetuses.