Jõhvi Põhikool on ainevaldkonniti jagatud ainekomisjonideks,  mis ühendavad lähedasi õppeaineid õpetavaid õpetajaid ja ainekomisjoni valdkonda kuuluvaid muid töötajaid. Ainekomisjon suunab ja koordineerib õppe-, kasvatus- ja arendustööd oma ainevaldkonnas.

Ainekomisjonide  tööd korraldavad ainekomisjonide esimehed.

Ainekomisjoni eesmärk on õppetöö, metoodiliste ja  kasvatuslike tegevuste ning arendustöö teostamine ja koordineerimine oma valdkonnas.

2021/22. õppeaastal toimetavad Jõhvi Põhikoolis järgmised ainekomisjonid:

• Eesti keel ja sotsiaalained (esimees Karolin Luik);
• Võõrkeeled (esimees Jelena Soolep);
• Matemaatika ja loodusained (esimees Tiina Bogens);
• Algklassid (esimees Kädi Sisask);
• HEV (esimees Ellen Prunbach);
• Kehaline kasvatus (esimees Kaja Laur);
• Oskus- ja loovusained (esimees Küllike Šapovalov).